April 10th, 2020

(no subject)

Любопытное про "сетевую теорию иммунитета" (Immune network theory), придуманную в 1970х Niels Jerne и Geoffrey W. Hoffmann.

Идея там в том, что анти-тела и антигены это одно и то же: появление антигена вызывает реакцию в виде выработки антител, те вызывают следующий уровень реакции в виде выработки антител на них, и так далее. В результате иммунный ответ не содержится в одном антителе, а является распределенным (примерно как память в мозгу не содержит каждый бит информации в одном нейроне, а распределена [я бы сказал, нетекстовая]). Есть ли какие-то количественные результаты у такой теории, или это просто умозрительная спекуляция, не вполне понятно.

Jerne получил нобелевскую премию 1984 г., но в формулировке эта теория не упомянута. Но она есть в его нобелевской речи, которая называется (вы сейчас упадете!!!)... "THE GENERATIVE GRAMMAR OF THE IMMUNE SYSTEM" https://www.nobelprize.org/uploads/2018/06/jerne-lecture.pdf
Так и хочется сказать: "далеко простирает Ноам Хомский и генеративисты лапы руки свои в дела человеческие!"


"The analogy with the brain
Jerne stressed that there are many similarities between the immune system and the central nervous system. Indeed, his hypothesis may have been inspired largely also by this analogy. Both constitute networks of cells coupled by stimulatory and suppressive interactions; the number of cells are similar (to within a couple of orders of magnitude); both systems can respond to an enormous variety of stimuli; and, most notably, both systems are capable of learning (memory), without being able to pass the acquired information on to the next generation."

Geoffrey W. Hoffmann, Network Immunology and the Symmetrical Network Theory https://www.phas.ubc.ca/~hoffmann/ni.html

Это более похоже на измышления теоретиков, имеющих мало отношения к естественным наукам. Точнее, аналогия скорее с нейронными сетями, которые не имеют отношения к нейронам, а относятся к machine learning алгоритмам.

Есть там и фрактальная теория, по-видимому, совсем оторванная от экспериментальной реальности. Впрочем, математики там нет тоже, только разговоры про фракталы и сети:
Bentley, P. J. A Fractal Immune Network
http://www0.cs.ucl.ac.uk/staff/P.Bentley/BETIC1.pdf
Bentley, P. J. 2004. Fractal proteins. Genet Program Evol. Mach 5:71–101. Bentley, P. J., and Timmis, J. 2004. The fractal immune network. ICARIS, LNCS. 3239:133–145.
Еще:
Rodney R. Dietert. Fractal immunology and immune patterning: Potential tools for immune protection and optimization, Journal of Immunotoxicology, 8 (2011) 101-110
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.3109/1547691X.2011.559951

Что Bentley понимает под фрактальными протеинами, я не до конца понял. Полимерные молекулы вообще-то могут иметь фрактальные свойства (теория Флори и вокруг), у белков даже фрактальная размерность подсчитывалась (соотношение длины и занимаемого объема); кроме того есть спекуляции о роли SOC и гидрофобных взаимодействий в свертывании белков. Но этот автор, кажется, называет протеинами нечто, вообще не имеющее отношения к химии и молекулам.

Вообще, есть ли во всей этой сетевой Барабаши-науке некие содержательные результаты, кроме слов small-world, scale free и fractals, я пока не вполне понимаю.

Но это я просто пробегал мимо, внимательно не изучил, далеко от моих интересов, но поставлю здесь ссылку, чтобы потом найти.

PS. Хорошая вещь - Альцгеймер, всегда узнаешь столько нового! Я обо всем этом уже писал лет пять назад. И про Хомского (линк), и про фрактальность белков (линк), Правда, тогда не задумывался с точки зрения сетей.

(no subject)

Джош и Эмбер (хозяева нашей танцстудии) рассказали поразительную историю о том, как они жили в этой студии целый год. https://www.facebook.com/DayncStudio/videos/807098479782284/

Я никогда не мог понять, с одной стороны, как это может быть прибыльным бизнесом. С другой стороны, они активные сторонники Берни Сандерса и социализма. Казалось бы, по нашим брайтон-бичевским понятиям, зачем хозяевам бизнеса социализм? Ну вот в реальной жизни все совсем не так, как в наших представлениях.

Ему 30 с небольшим, ей на несколько лет меньше. То есть они много сил, не говоря уж о деньгах, которых у них нет, вложили в эту студию. (Я бы и рад им помочь, но посмотрим.)

Я, правда, все же подумал, что уехать и жить в таких условиях, имея родителей рядом - не то же самое, что уехать на другой конец мира в чужую страну, где никого не знаешь, и никто с тобой знакомиться не желает. Но все равно они огромные молодцы, и их студия, по мне так лучшеe, что есть в этом Милуоки. Очень светлая молодая пара (хотя Джош нас, по-моему, не очень любит, он корректен, но не более, Эмбер всегда очень дружелюбна).

(no subject)

Я года два назад убрал в ЖЖ возможность комментировать для не френдов и веду его как сумасшедший дневник. Под замком я веду, в основном, записи об интригах на работе - кто что сказал, что я об этом подумал. Вроде бы "все ушли из ЖЖ" и можно его использовать для себя как дневник. Но потом оказалось, что большинство ушло, но многие остались или заглядывают иногда.

"Окуклился" я не потому, что я боюсь комментариев от троллей и прочих неприятных персонажей (никому до меня нет дела, да и я умею ответить так, что мало не покажется). Но потому, что я хочу контролировать свое время. Скажем, утром у меня есть полчаса, и я хочу записать какую-то свою мысль, например, про политиков или про ученых. Но я не хочу тратить на это весь день. Если я позволю комментировать и дискутировать, то невольно придется отвечать, уточнять, и вместо получаса день потрачен совсем не на те тексты, на которые хотелось бы. Написание текстов в ЖЖ - не совсем то, на что хочется тратить свои способности и таланты, лучше статью написать (по затратам сил пять постов в ЖЖ - как одна статья на каком-нибудь сайте, пять статей на сайте - как одна научная статья).

Но совсем спрятаться от нефрендов не получается, Оказывается, в ЖЖ как в Фейсбуке можно поставить "лайк" и даже "лав"! Просто я их не видел. Но, оказывается, в ЖЖ теперь есть Notifications, где от сообщений о лайках не скроешься. Разные люди периодически ставят там не только "лайк", но и сердечко-любовь. У меня понятия старомодные, я считаю, что если кто ставит сердечко, значит, любит. А что надо делать по любви? В старом советском фильме герой говорил героине "раз любишь, тогда целуй!" :)

(no subject)

И насчет эпидемии. По цифрам в США, конечно, все плохо. Я даже несколько удивлен этим. От трети до половины всех новых случаев в мире - в США, то есть через неделю треть от числа всех больных будет в Америке.

Но в процентном отношении ежедневный прирост 6-8% (а был 35%) в день. Вторая производная стала отрицательно, и скоро первая производная тоже станет отрицательной, ежедневный прирост пойдет на спад. Как это произошло в Италии и других странах. А через пару недель после этого и число больных / выявленных пойдет на спад. Достигнув пика в один-полтора миллиона в США.

Другое дело, чего я не понимаю - ну пойдет на спад, а что дальше? Упадет летом число до, скажем, ста тысяч. Да пусть до 20 тысяч (это вряд ли). Ведь карантин все равно как бы нельзя снимать. Что так и сидеть с закрытыми парикмахерскими, хозяйственными, мебельными, магазинами одежды? Я думаю, придется просто сделать вид, что эпидемия закончилась и снимать карантин.

Ну и меня беспокоит экономика. У меня-то теньюр и вообще как каникулы. Но сколько людей осталось без работы, сколько бизнесов закрылось! Смогут ли они все платить по своим счетам - аренду, коммуналку, выплаты по их долгам - ипотекам и кредитам? А если не смогут, что станет с разными инвестиционными фондами, которые надавали им в долг? И что станет с банками, где хранятся наши деньги, которые вложили наши деньги в разные фонды?

Уже процентная ставка на нуле и выписаны два триллиона, а еще ничего не началось. А когда начнется, потребуется еще и еще. И что будет с долларом, какая будет инфляция, если напечатать ничем не обеспеченные два ТРИЛЛИОНА? А если будет инфляция, что будет со всеми этими низкопроцентными кредитами? Понадавали кредитов под 5% годовых на 30 лет, если теперь инфляция будет 30% в год, что станет с кредиторами? Ну и так далее.

И вот ни одна собака эти темы не обсуждает, все обсуждают "вентиляторы", которые продлевают мучительную агонию (80% людей, попавших на аппараты искусственного дыхания уже не выживают).

(no subject)

Мне уже везде чудятся умственно отсталые (или они таки везде и есть)? Многие френды или френды френдов рекомендуют вот это интервью про коронавирус на сайте радио "Свобода".
https://www.svoboda.org/a/30525376.html

Один из ключевых моментов:

"– Чем этот вирус отличается от "обычных" коронавирусов, которые вызывают только простуду?

– Я думаю, прежде всего нетранслируемой регулирующей областью (часть генетического кода, которая не отвечает непосредственно за синтез белков. – РС). В ней есть последовательности генов, сильно отличающиеся от последовательностей в регулирующей области коронавируса, который живёт на летучих мышах, притом что "тело" вируса, его структурные гены являются такими же, как у вируса летучих мышей.
"

Как это понять? Если это нетранслируемая часть кода (то есть не содержащая гены - link), откуда в ней "последовательности генов"? Как, ну поясните - как другие читатели (те, кто дает ссылку) это понимают?

Может ошибка, чешская вирусолог хотела сказать не "последовательности генов", а "последовательности нуклеотидов"? Но ведь сказала "генов", черным по белому написано. Разве генетик-вирусолог может сделать такую ошибку в центральном утверждении по теме своего интервью? Это как если математик назовет квадратный корень синусом (при том, что рассказывает о корнях). Разбуди ночью, не сделает такую ошибку. Или я что-то не так понял?