May 21st, 2020

немного безумия вам в ленту

Поэт Анри Волохонский ("под небом голубым есть город золотой") когда-то написал фриковую, но вполне модернистскую статью по биохимии "Расположение аминокислот на гранях икосаэдра". И дейcтвительно, аминокислот - букв алфавита, из которого состоят белки - почему-то ровно 20. Может быть, потому что у икосаэдра - максимального платоновского тела - ровно 20 граней?

Однако со времен Кеплера (который думал, что орбиты планет соответствуют платоновым правильным многогранникам) так науку не делают, это густопсовое фричество. Или, на худой конец - литература 1920х, модернизм.

* * *

Ну, а что же таки с аминокислотами? :) У них, как ни странно, есть свои закономерности. Каждая аминокислота кодируется тремя символами, то есть на 64 комбинации только 20 аминокислот (и еще стоп-команда).

Поэтому аминокислоты группируются, хоть и не по граням икосаэдра, но по неким другим еще более интересным поверхностям. Вот, например, картинка из Википедии. По горизонтали - гидрофобность аминокислоты, по вертикали - молекулярный вес. Если взять аминокислоты, шифруемые последовательностью вида NUN, NAN, NGN, NCN (то есть с определенным средней буквой в шифре из трех букв с любыми начальными и конечными), то они ложатся на определенные окружности. [Замечу - как там измерили гидрофобность, нужно еще посмотреть, для аминокислот ее можно по-разному определять].

Ну и вообще-то из трех букв в коде часто первые две определяют аминокислоту, а последняя мало на что влияет. Посмотрим нa две, по-моему, самые красивые аминокислоты: Глицин и Триптофан (самую легкую и самую тяжелую). Обе помогают от депрессии. Остаток глицина - это просто атом водорода, протон, ничего не может быть проще. Триптофан, напротив, включает ароматическое шестерное кольцо и пятиугольник, сочетание, знакомое нам по кофеину (привет танцевальной партнерше Мэри), пурину (подагра), мелатонину (чтоб лучше спать) и сератонину (гормону счастья). Стэкинг-силы самосборки где-то там же.



Это про красивое, осталось сказать про умное.

Глицин кодируется четырьмя сочетаниями: GGU, GGC, GGA, GGG. То есть последняя "буква" вообще не имеет значения, если две первых GG, то получится глицин. Таких двухбуквенных ячеек несколько - GUN (Val/V) Валин, GCN (Ala/A) Аланин, UCN (Ser/S) Серин, ACN (Thr/T) Треонин (где N - любая буква), полную таблицу нетрудно найти в википедии. Но вот тяжелый (Trp/W) Триптофан кодируется только одним сочетанием UGG.

* * *

Трехбуквенные сочетания, двухбуквенные ячейки - где-то мы это уже видели, не так ли? Тут явно какая-то болезненная (кто вспомнит, можно в психушку сразу), но увы, неизбежная аналогия. Ну где у нас трехсогласные корни, двухсогласные ячейки? Ясное дело - афразийские, семитские корни, Майзель, Юшманов, вот это все.

Ну, и на первый взгляд это как-то грустно, потому что фричество же явно шизофреническое, и вот оно есть, и что же теперь делать?

Но это только на первый взгляд. Опасная (привлекательная для фриков) как бы "аналогия" здесь, конечно, не в самой кодировке из трех букв, при которых смысловое ударение на двух первых, в совершенно разных областях. Дело тут в другом.

Между языком и генетическим кодом множество аналогий, и они состоят в том, что и то, и другое являют собой сложное, произошедшее от сложного. Аналогия здесь, конечно, не в том, что букв три, а две первые из них играют роль (мало ли что состоит из трех букв). Аналогия в сложном от сложного вместо ожидаемого сложного от простого.

* * *


Вот уже кто-то там говорит, будто трехбуквенный код произошел от двухбуквенного. Kак это знакомо! https://en.wikipedia.org/wiki/Codon_degeneracy Но ничего не получится, скорее всего.

Про двух - трехсогласный корень я не так давно писал, процитирую себя:

"Исследователи прежних времен расчитывали свести сложное к простому. Юшманов, попав под обaяние Н.Я. Марра, даже рассуждает о близости изначальной структуры семитского корня CVC к диффузным первозвукам:

«Этот принцип структуры слога — пережиток первобытных слов, которые получились расклиниванием диффузного звука гласным (вроде САЛ, БЭР, РОШ, ЙОН)». [7] (стр. 88-89).

Очень похоже высказывается и Дьяконов:

«По-видимому, первоначальным типом семитского корня был тип CVC; первичность подобных корней вообще является лингвистической универсалией». [3]

Однако эта программа вряд ли осуществилась. Сложное возникает не из простого, а из другого сложного...

...Попытки свести сложную структуру языка к более простым явлениям наталкиваются на постоянные препятствия. Это касается как сведения трехбуквенных корней к более простым и менее многочисленным двухбуквенным, так и сведения сложной и разветвленной семантики к изначальным простым значениям корней и формантов. Каждый раз, когда кажется, что простая «изначальная» схема реконструкции совсем близкa, выясняется, что свести многообразие форм и значений к простой формальной схеме не удается. Это во многом похоже на ситуацию в ряде естественных наук на рубеже ХХ–ХХI веков, в которых не удается примирить логически противоречивые концепции (самый известный, хоть и не единственный пример: теория относительности и квантовая механика)."

http://z.berkovich-zametki.com/2017-nomer10-mn/

(no subject)

С 2011 года в этих числах мая записываю, сколько раз процитированы мои публикации по данным Гугл-Сколар, и на сколько увеличилась цитируемость за год. На этот раз больше тысячи цитирований.

22 May 2020 Cit = 8353 (+1023), H=45
23 May 2019 Cit = 7330 (+788), H=43
23 May 2018 Cit = 6542 (+851), H=40
22 May 2017 Cit = 5691 (+925), H=37
26 May 2016 Cit = 4766 (+839), H=35
23 May 2015 Cit = 3927 (+680), H=30
23 May 2014 Cit = 3247 (+741), H=27
22 May 2013 Cit = 2506 (+834), H=25
22 May 2012 Cit = 1672 (+544), H=22
24 May 2011 Cit = 1128, H=20
https://scholar.google.com/citations?user=Ct5Kv-UAAAAJ

Есть научные работники, которые считают, что цитируемость не имеет значения, поскольку важно только сколько денег ученый сумел урвать где-то и распилить, то есть освоить. Количество осваемых денег и размер бюджетов, которыми вы управляете - показатель организационной значимости, менеджерских и бизнес способностей. Однако "воровать" где-то деньги и быть менеджером можно и не занимаясь наукой. Если измерять достижения деньгами, то лучше заниматься торговлей, например. А влияние на научную литературу все же измеряется цитируемостью.

Конечно, на это можно сказать, что цитируемости, то есть известности, можно добиться, занимаясь, например, журналистикой или там шоу-бизнесом. Ну, наверно так и есть. :)

Еще мне часто говорят, что моя цитируемость никого кроме меня не интересует. Но так и пожалуйста, но я-то в своем журнале пишу о том, что меня интересует. :)

Так или иначе, с 23 мая прошлого года прибавилось 1023 цитирований (часть из них самоцитирования, конечно), ну и вот. :)