March 10th, 2021

(no subject)

Завакцинировался Пфайзером в университете. Через три недели 31 марта - вторая доза. Через две недели после второй официально можно не носить маску. Байден обещал 100 days challenge носить маски, со дня его инаугурации. То есть до конца апреля. Хорошо, если так и будет.

Интересно, закончится эпидемия, или будет новая волна?

(no subject)

Стал читать про иммунитет, потому что хотел разобраться все же в том, как это антигены в пептидных вакцинах взаимодействуют с эпитопами в первичном (денатурированном) состоянии. Конкретно, вот эта фраза и Википедии меня озадачила:

"Большинство эпитопов, распознаваемых антителами или B-клетками, представляют собой трёхмерные структуры на поверхности молекул антигенов, которые точно совпадают по форме и пространственному расположению электрических зарядов с соответствующими паратопами антител. Исключение составляют линейные эпитопы, которые определяются характерной последовательностью аминокислот (первичной структурой), а не пространственной организацией. Протяжённость эпитопа, который способен распознать B-лимфоцит, может достигать 22 аминокислотных остатков."

Про 22 попугая совсем непонятно (какая "протяженность" и третичной структуры?), но вот про линейные пожалуйста поподробнее.

В сети нашел украинский учебник иммунологии имени Сковороды: "Харьковский национальный педагогический университет имени Г.С. Сковороды" http://dspace.hnpu.edu.ua/bitstream/123456789/762/1/%D0%9A%D1%83%D1%80%D1%81%20%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%86%D0%B8%D0%B9%20%D0%BF%D0%BE%20%D0%B8%D0%BC%D0%BC%D1%83%D0%BD%D0%BE%D0%BB%D0%BE%D0%B3%D0%B8%D0%B8%20%28%D1%80%D1%83%D1%81%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9%20%D0%B2%D0%B0%D1%80%D0%B8%D0%B0%D0%BD%D1%82%29.pdf

Так он еще более бестолковый, чем Википедия! И нет там V(D)J-рекомбинации. В разделе про вакцины нет никаких мРНК и никаких пептидных вакцин. Латынина и то толковее учебника для ВУЗов.

Bообще загадки:

"Впервые встретив определенный антиген, Т-лимфоцит «запоминает» его и начинает делиться. Большая часть вновь Т-лимфоцитов вступает в реакцию с антигеном и с помощью перфорина уничтожает его. Это Т-лимфоцитыкиллеры (убийцы). Часть Т-лимфоцитов в реакцию не вступает и продолжают циркулировать с кровью, иногда всю жизнь. Это лимфоциты иммунологической памяти. В случае повторного контакта их с таким же антигеном они «узнают» его, начинают интенсивно делиться (пролиферировать), образуя большое количество Т-лимфоцитов-убийц, и уничтожают антиген."

Авторов, которые думают, что поставив слово в кавычки («запоминает», «узнают»), они что-то объяснили, нужно бить палками. Как запоминают-то? И запоминают или в кавычках?

Отдельно порадовало про адгезию:

"Адгезия. Акт адгезии включает две фазы: распознавание чужеродного объекта и прикрепление, или собственно адгезию. Адгезия фагоцита к объекту фагоцитоза происходит крайне медленно в том случае, если отсутствует предварительное специфическое распознавание чужеродных клеток."

Разве это акт? И для чего в учебниках физ. химии говорят про биоспецифические взаимодействия, лиганды и рецепторы? Или этот учебник для школьников? Адгезия включает распознaвание объекта? Или опять "распознaвание" в кавычках? Объясняемся метафорами, товарищи доценты, потому что до логического мышления еще не доросли? На мифологической стадии мышления, как люди неолита?

(no subject)

Я думал, мол. биологи такие крутые, импакт-факторы по 30. Hо вот тексты что-то мне не очень нравятся:

"К свойствам антигенов относят:
антигенность – способность вызывать специфический иммунный ответ с образованием антител;
иммуногенность – способность антигена вызывать иммунный ответ независимо от его иммунной специфичности;
специфичность – особенности антигена, благодаря которым антигены отличаются друг от друга и взаимодействуют с определенным паратопом антитела.
Антигенность белков является проявлением их чужеродности.
"
(из сети)

Зачем так гаваришь, дарагой? К свойствам антиматерии относится ее антиматериальность. Антиматериальность антиматерии проявляется отсуствием в нёй материальности независимо от ее антиматериальной специфичности. К свойствам антиквариата относится его антикварность. Антикварность антиквариата проявляется отсуствием в нём неантикварности независимо от его антикварной специфичности.

Про линейные эпитопы Ковида вот статья китайцев:
Linear epitopes of SARS-CoV-2 spike protein elicit neutralizing antibodies in COVID-19 patients
https://www.nature.com/articles/s41423-020-00523-5

"A compact vocabulary of paratope-epitope interactions enables predictability of antibody-antigen binding"
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/759498v4.full

Но я так и не понимаю, паратопы линейных эпитопов тоже линейны, или нет? Какая-то невнятица всюду.

Что-то так и не могу понять, все антитела к ковиду - одинаковые или разные? IgG, а что дальше? Он у всех одинаковый? Или у одних к одним эпитопам, у других к другим? Загадки какие-то.

Спрашивать какие-то более специфические вопросы я боюсь. Вот мне сделали прививку "Пфайзер", липидные наночастицы с мРНК, наверно, сейчас во всю проникают в клетки. Как именно преодолевают клеточную мембрану - спрашивать не надо, биологи обижаются. А в какие именно клетки? В каких, так сказать, органах и тканях?

А дальше они, наверно, начинают во всю производить глюко-протеины спайка. Или глико, не важно. Сахаро-белки, короче. Те, как известно, взаимодействуиют с ACE2 (Ангиотензинпревращающий фермент 2 ) рецепторами и проникают в клетки. Весной нам рассказывали, что опасно употреблять ACE-ингибиторы (распространенные анти-гипертoнические лекарства вроде лизиноприла), потом как-то тема замолкла. А после вакцины можно? Не повалят ли всеми эпитопами вновь экспрессированные S-протеины в клетки?