מכל מלמדײ השכלתי (duchifat) wrote,
מכל מלמדײ השכלתי
duchifat

Categories:

dybr

Продолжаю с большим интересом читать "Физику белка", узнаю много нового.

Про энтропийные силы и гидрофобный эффект я еще, наверно, запишу для себя потом. Все же в первом приближении энтальпийные связны с разрывом химических связей, а энтропийные, думаю, исторически (в смысле истории понятия) восходят к идее полимерной идеальной цепи. Но вот то, что почти вся само-сборка происходит за счет энтропийных сил - я знал это вообще раньше или нет?

И ясно, что макроскопический аналог в механике - это трение. Поэтому концепция friction-induced self-organization не случайна. Но есть ли какая-то простая техническая механическая система с friction-induced self-assembly, которую можно использовать для иллюстрации, я не знаю (в голову приходят фрикционные синхронизаторы в коробке передач автомобиля).

Если на самом деле в глобулу складываются только реально существующие белки, отобранные эволюцией, а вовсе не все последовательности аминокислот, то это отчасти объясняет как из простых взаимодействий получаются сложные структуры. Правда, тогда возникают другие вопросы, например, как же быть с антителами (иммуноглобулинами), которые производятся случайно путем V(D)J-рекомбинации? Обнаружил, что в книжке этот вопрос упоминается (стр. 356), сказано:

"При образовании соматических иммунных клеток эти куски всяческим образом тасуются и еще каким-то образом мутируют в своих гипервариабельных участках и соединяются в целые гены легких и тяжелых иммуноглобулиновых цепей. Как эти "соматические мутации" вводятся, как направляются в особые части генов - все это еще мало известно. И почему такие мутации не взрывают структуру белка, а их может быть до нескольких десятков в домене: слишком много, чтобы сначала ввести их "чохом", а потом отбирать выжившие белки! - тоже загадка." http://www.mol.bio.msu.ru/res/DOC61/2012_Book_fizika_belka.pdf

Взрывом белка этот Финкельштейн называет денатурацию, в другом месте он пишет, что это энергетический барьер порядка 15kТ. Короче, офигенно, сколько всего интересного.

Если белки эволюционируют, то как вообще в протеомике обстоит с различением диахронического и синхронического подходов, если пользоваться термином из лингвистики?

Еще прочитал про важное для некоторых типов самосборки пи-пи-взаимодействие (π–π stacking) между ароматическими молекулами. Oказывается, есть много сил, о существовании которых я не подозреваю, я ведь химии никогда не учился. :) Последний раз слово "стэк" я употреблял по-русски лет 30 назад, даже не сразу сообразил "стэкинг" или "стокинг" правильно по-русски.

Название ароматическoe "Пипи-взаимодействие" что-то у меня проассоциировалось с танцевальной партнершей по занятиям бачатой, молодой девицей Мэри, которая носила на цепочке формулу молекулы кофеина и очень старательно относилась к отработке обнимашек и контактных элементов, вроде просовывания ноги между ног. Эх, возобновятся ли наши танцы когда-нибудь, или карантин теперь навсегда? :)
Tags: science
Subscribe

  • (no subject)

    Еще оттуда же (длинное). Влияние аналитической философии и вторичность (например, по отношению к тому же Лакоффу) детектед. Но вот что музыковед…

  • M. Аркадьев. Лингвистическая катастрофа

    Хороший модный философский трактат (если вас не раздражает чрезмерное жонглирование модными темами и именами). Немного напоминает Манина. Аркадьев…

  • (no subject)

    Вчера на Карповке Там же с давней знакомой-лесником (теперь продавцом целебной заряженной воды):…

  • Post a new comment

    Error

    Comments allowed for friends only

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 3 comments