מכל מלמדײ השכלתי (duchifat) wrote,
מכל מלמדײ השכלתי
duchifat

Category:
Продолжаю читать рекомендованную юзером nenastja книгу "Физика белков" Финкельштейна и Птицына (она есть в сети). Там есть о чем подумать, например, в 15 и 16 главе весьма любопытные рассуждения о белках из случайной последовательности аминокислот и насчет экспоненциальной ("квази-больцмановской") статистики.

1) Насчет случайных последовательностей авторы как-то не очень уверенно утверждают. Вроде как большинство случайных последовательностей не имеют устойчивой нативной структуры, но доля тех, которые имеют - отнюдь не мизерна (количественной оценки не приводят), но вроде как и чисто случайные последовательности имеют хороший шанс образовать нативную структуру, но все это касается только коротких цепей, до 150 аминокислот.

Вроде как белки и продукт эволюции, но в тоже время вроде как и продукт случайности. Микроэволюция, мол, конечно есть, а вот макроэволюции не наблюдается, и так далее, да точно никто не знает.


2) Вторичные структуры (которых, как известно, две: альфа-спираль и бета-лист) образуют промежуточный уровень организации между вторичным и третичным (нативным) - "укладки". Мотивов укладок - пара сотен, там разная интересная топология. Но никакой топологической классификации, по непонятным мне причинам, авторы не приводят. Вроде как редкие мотивы укладки - результат эволюционного отбора, а распространенные - сами возникают случайно. Интересно, что в нескольких случаях авторы связывают мотивы укладки с первичной структурой.


3) Насчет экспоненциальных распределений (которые авторы считают квази-больцмановскими). Речь о распределении доли числа аминокислот в центре глобулы к числу на поверхности глобулы как функции ее гидрофобности. Для 20 аминокислот, т.е. 20 точек. Все очень приблизительно: и гидрофобность измеряется приблизительно, и прямая (на лог-графике) приблизительная, и точек всего 20. То есть идет от идеи, а не от данных.

Авторы рассуждают о том, что в отличие от больцмановского распределения, когда молекулы блуждают в результате флуктуаций по разным состояниям, гидрофобные группы не блуждают по глобулам. Ну, это учебник для биологов, не для физиков - по идее, для рассмотрения статистки микросостояний совсем и не нужно "блуждать". :) На этом месте хочется спросить авторов про эргодичность и эволюцию (неэргодичность - признак эволюции и пр.). Дальше они приводят правдоподобную модель, дающую гауссово распределение, и край этого распределения - экспонента. Чувствуется, что автор много занимался этой темой.

Но никаких слов про критическое состояние не звучит (наверно, автор занимался этой темой с другой точки зрения). Переход глобула-цепочка - фазовый (и авторы интересно объясняют почему: гидрофобные флуктуации подводят к структуре глобулы, а закрепляют ее более сильные взаимодействия, чтобы ее "взорвать" нужно сначала приоткрыть как бы щель, отсюда энергетический барьер для фазового перехода). Авторы пишут и о том ,что чтобы взорвать глобулу, достаточно совсем небольшой энергии. Я это понимаю так, что глобула близка к критическому состоянию (отсюда, небось, и экспоненты), но авторы этого не пишут. Короче - непонятно.

Мне тут рецензеты (по другому поводу) с важным видом пишут, мол: not to commit a mental error of associating a power law in some statistics to the SOC phenomenon. А я что, я не знаю. :)
Tags: science
Subscribe

  • (no subject)

    Путин нахамил Байдену (или какому-то журналисту?), процитировав слова Остапа Бендера "обращайтесь во Всемирную лигу сексуальных реформ". Это в ответ…

  • The Peril of Politicizing Science

    Насчет статьи химика Крыловой, американского профессора донецко-московско-иерусалимского розлива, не могу понять, почему так много людей жалуется на…

  • (no subject)

    В молодости (ну, лет в 35) я думал, что с возрастом меня все больше будет интересовать религия, со временем стану религиозным. Еще я думал, что…

  • Post a new comment

    Error

    Comments allowed for friends only

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 0 comments