מכל מלמדײ השכלתי (duchifat) wrote,
מכל מלמדײ השכלתי
duchifat

Categories:
Читая бесконечные сообщения последнего времени про прививки и иммунитет, подумал вот о чем. Разных белковых и прочих антигенов существует бесчисленное множество. Но практически против любого организм вырабатывает иммунитет. Происходит это путем случайного перебора (клонально-селективная теория иммунитета).

В иммунных клетках есть специальный и довольно хитрый "генератор случайных антител" (V(D)J-рекомбинация), и как только антитела попадают против нужного антигена, там есть еще один механизм, который запускает выпуск именно этих антител. Все это крайне сложный и хитрый механизм со множеством деталей. Есть даже термин VDJ-ome и научная дисциполина VDJ-омика.

Собственно, я беспокоюсь, что если вдруг окажется вирус, против которого не будет иммунитета? Достаточно ли антител и иммунных клеток на все антигены? Пространство какой размерности они образуют (сколько параметров нужно, чтобы их охарактеризовать)?

Вроде бы репертуар антител состоит из 3×1011 комбинаций. Сколько существует белков в природе, я не смог сходу найти. На первый взгляд кажется, что значительно больше 1011. Скажем, при длине в 300 аминокислот возможно 20300 комбинаций. Но устойчивы и реально существует небольшая часть из них.

"By all-to-all sequence and structure comparisons, we grouped the protein complexes in the protein data bank (PDB) into 3,629 families and 1,761 folds. A statistical model was introduced to obtain the quantitative relation between the numbers of quaternary families and quaternary folds in nature. The total number of possible protein-protein interactions was estimated around 4,000, "
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0038913

"According to Uniprot, there are 85,381,808 protein records, and with the UniRef90 filter (i.e removing records that can be represented by an entry with at least 90% sequence similarity), there are 42,424,511.
.... less than a trillion"
https://biology.stackexchange.com/questions/58868/how-many-proteins-are-in-the-earths-proteome

Ясно из соображений мировой гармонии, что вот это "42 миллиона .... less than a trillion" протеинов должно как-то соотносится с тем 3×1011 антител (которые тоже белки, кстати). Но на вопрос, а одинаковая ли у них размерность пространства данных, ответа что-то не просматривается. Наверняка разная и там какое-нибудь интересное топологическое преобразование одного в другое.

(Если что, я сварщик не настоящий - это я просто думаю вслух).
Tags: science
Subscribe

  • Post a new comment

    Error

    Comments allowed for friends only

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

  • 2 comments